「深圳南山圣约归正教会」是主耶稣基督的教会，毫不妥协传讲遵行圣经，持守表明宗教改革的福音真理。深圳南山圣约归正教会的五大基本信念是：
一、 教会
教会的唯一根基是主耶稣基督（太16：16；林前3：11）。教会要遵行「大使命」，使万民作主门徒（太28：19-20）。教会是永生神的家，真理的柱石和根基，要传讲持守福音真理（提后3：15）；为要成全圣徒、各尽其职、建立基督的身体（弗4：11），使之成为荣耀的教会，圣洁没有瑕疵，完全归属于主（弗5：25-27）。
「圣约归正教会」的异象和使命是：忠心传讲圣道、恒切施行圣礼、认真执行管教，因为这才是真教会的特征。圣约归正教会靠主恩典，为主荣耀，带领神的儿女，认真实行教会生活，以履行教会的三使命：献上全心敬拜上帝、教导圣经养育圣徒、传扬福音领人归主。
二、 聖經
教会是建造在使徒和先知的根基上，有主基督耶稣自己为房角石（弗2：20）。换言之，教会是建造在主耶稣基督的圣道启示上，即透过使徒先知写成的圣经。神用真道重生了我们，也是以至圣真道来造就我们（雅1：18；彼前1：23-25；犹20）。所以，真教会的生活事奉，必须完全遵行圣经，不可高举人的传统、理性、经验；毫不掺杂人本主义，不容世俗作风渗入。
「圣约归正教会」秉持「唯独圣经」的真理，完全根据圣经来讲道、教导、辅导。讲坛信息必须是「解经讲道」，主日学教导必须是「圣经教导」，团契生活与门徒训练必须是「圣经辅导」。
三、 圣約
圣约是贯穿整本圣经，横夸人类整体历史的，因此，我们的解经是以圣约为脉络，以新约解释旧约，发搅圣约在每个历史背景下的救赎延展，以便以恩典坚固人心，快跑跟随主。[来13:9]你们不要被那诸般怪异的教训勾引了去。因为人心靠恩得坚固才是好的，并不是靠饮食；那在饮食上专心的，从来没有得着益处。
圣约同时又是联结人与神之间的纽带，深刻的认识圣约，是圣约子民过好圣约生活必不可缺少的真理，教会是圣约子民的大团契，正确的认识圣约，是促进教会的和谐，稳定，发展，建全必不可缺少的动力。[弗4:11]他所赐的有使徒，有先知，有传福音的，有牧师和教师。
[弗4:12]为要成全圣徒，各尽其职，建立基督的身体，
[弗4:13]直等到我们众人在真道上同归于一，认识 神的儿子，得以长大成人，满有基督长成的身量，
[弗4:14]使我们不再作小孩子，中了人的诡计和欺骗的法术，被一切异教之风摇动，飘来飘去，就随从各样的异端。
[弗4:15]惟用爱心说诚实话，凡事长进，连于元首基督。
[弗4:16]全身都靠他联络得合式，百节各按各职，照着各体的功用彼此相助，便叫身体渐渐增长，在爱中建立自己。
[约14:15]“你们若爱我，就必遵守我的命令。
[约14:16]我要求父，父就另外赐给你们一位保惠师（或作“训慰师”。下同），叫他永远与你们同在，
[约14:17]就是真理的圣灵，乃世人不能接受的。因为不见他，也不认识他；你们却认识他，因他常与你们同在，也要在你们里面。
[约14:19]还有不多的时候，世人不再看见我，你们却看见我，因为我活着，你们也要活着。又是来为耶稣基督作见证的；
[约16:14]他要荣耀我，因为他要将受于我的告诉你们。又要带领信徒进入一切的真理；又用说不出来的叹息常替圣徒代祷；也是来[约16:13]只等真理的圣灵来了，他要引导你们明白（原文作“进入”）一切的真理；因为他不是凭自己说的，乃是把他所听见的都说出来，并要把将来的事告诉你们。 叫世人为罪，为义，为审判自己责备自己的。
[约16:8]他既来了，就要叫世人为罪、为义、为审判，自己责备自己。
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